คลองปานามา (อังกฤษ: Panama Canal) เป็นคลองเดินเรือสมุทรความยาว 77 กิโลเมตร สร้างขึ้นบริเวณคอคอดปานามาในประเทศปานามา เพื่อเชื่อมมหาสมุทรแปซิฟิกกับมหาสมุทรแอตแลนติกเข้าด้วยกัน ซึ่งช่วยย่นระยะเวลาที่ต้องไปอ้อมช่องแคบเดรกและแหลมฮอร์น ทางใต้สุดของทวีปอเมริกาใต้ คิดเป็นระยะทางกว่า 22,500 กิโลเมตร ซึ่งมีผลอย่างยิ่งต่อการเดินเรือระหว่างสองมหาสมุทร โดยถูกใช้เป็นเส้นทางเดินเรือหลักสำหรับการค้าทางทะเลระหว่างประเทศ ตั้งแต่เปิดทำการ คลองปานามาประสบความสำเร็จและเป็นกุญแจสำคัญในการขนส่งสินค้าทั่วโลก จำนวนเรือที่ผ่านคลองปานามาเพิ่มขึ้นจาก 1,000 ลำ/ปีในยุคแรกเริ่มมาเป็น 14,702 ลำ/ปี ในปีค.ศ.2008 มีระวางขับน้ำรวมทั้งสิ้น 309.6 ล้านตัน
แนวความคิดในการขุดคลองปานามาจะมีมาตั้งแต่คริสต์ศตวรรษที่ 16 แล้ว ก่อนที่จะเริ่มการก่อสร้างครั้งแรกในปี ค . ศ . 1880 ภายใต้บริษัทสัญชาติฝรั่งเศสภายใต้การบริหารของ นายแฟร์ดินองด์ เดอ เลสเซ็ปส์ แต่ก็ล้มเหลวไป มีคนงานกว่า 21,900 คนเสียชีวิต มักจะมีสาเหตุจากโรคระบาด ( มาลาเรียหรือไข้เหลือง ) และดินถล่ม จนกระทั่งสหรัฐอเมริกาเข้ามาดำเนินงานต่อ โดยมีผู้เสียชีวิตราว 5,600 คน จนกระทั่งสามารถเปิดใช้งานได้เมื่อวันที่ 15 สิงหาคม ค.ศ.1914 นับเป็นหนึ่งในโครงการวิศวกรรมที่ใหญ่ที่สุดและยากลำบากที่สุดที่เคยมีมา
